הרב מרדכי רוט הוא מטפל רגשי מומחה, זוגי ומשפחתי.
מטפל בדיכאון, חרדות, כפייתיות, אובססיות, חוסר ביטחון עצמי, אובדן דרך, הדרכת הורים, והתמכרויות שונות.
בין מטופליו נוער מתמודד שמחפש את דרכו. וכן מטפל בענייני זוגיות קשים ומורכבים, ובבעיות אינטימיות קשות (לגברים בלבד).
כמו כן ייסד את שיטת רוט שמסייעת לאלפים ורבבות.
בשנת תשס"ה הקים את ''עלומים'' - מרכז לחיים בריאים.
בשנת תשע"א הוציא לאור את ספרו הראשון: ''יש לך עשר דקות לבריאות שלך''. ובהמשך כתב עוד ארבעה ספרים למבוגרים וילדים: ''עשר דקות לפני שהולכים לרופא'' בשני חלקים, וסדרת הספרים: ''הכי חזק שיש - ילדים מעצימים את עצמם" שני חלקים שהפכו לרבי מכר.
הוא בעל טור שבועי ברשת "קו עיתונות" דתית באתר כיכר השבת ובאתר col - העוסק בנפש האדם ובנושאים רגישים שונים, רבים מהטורים נוגעים בנושאים נפיצים שבעבר אף אחד בציבור החרדי לא העז לגעת בהם.
יחד עם זוגתו חיה רוט שאף היא מטפלת רגשית זוגית ומשפחתית מוכרת, מטפלים הם יחד במרכז עלומים שהקימו במסירות.
הרצאותיו הפכו למבוקשות ביותר בכל המגזרים, כשבחלקם הוא מופיע מלווה בגיטרה בשירי רגש ובחלקם שירים שכתב והלחין בעצמו.
משתתפי הערב מעידים שערב כזה יצר בהם תובנות ושינויים לאורך זמן.